На мой взгляд, ключевой тезис заключен вот в этом абзаце статьи уважаемого проф. Магазаника.

Цитата:
Авраам стал основателем первой монотеистической религии. Эта религия утверждала, что нас окружает не хаос, а строгий порядок, что всё во вселенной тесно связано между собой и подчинено каким-то извечным таинственным законам. Но ведь любая наука как раз и занимается выяснением этих самых законов. Именно в этом предназначение науки.

В логике это называется подменой тезиса. Понимание того, что мир представляет собой единую, взаимосвязанную систему, это понимание очень далеко от научного исследования этого мира. Так, медики очень давно понимали, что человек есть взаимосвязанная сложнейшая система (ибо это почти очевидно), но до научного подхода к исследованию этой системы прошли столетия.

С тем же правом можно считать правителя государства, где жил Авраам, небезызвестного тирана Нимрода, основоположником всяческого законоуложения. Ведь он тоже дал своему народу законы! Однако сегодня мы пользуемся либо римским правом либо прецедентным (английским) правом. И не считаем Нимрода "основоположником права.

Авраам видел строгий порядок в мироздании, но Аврааму никогда не приходило в голову говорить о каких-то "законах". Более того, во многих работах иудейских мудрецов ("Тания", например) прямо говорится, что Всевышний непрерывно управляет всем происходящим в мире. Но при этом Всевышний всемогущ, а значит может менять законы по собственному желанию, у Него нет никаких ограничений. Отсюда и представления о "чудесах", столь распространенные в религиях. (Это лишь в наше время представления о чуде претерпевают в иудаизме серьезные изменения).

Далее автор хочет нам продемонстрировать смысл научной работы.

Цитата: 
физик хочет узнать, как устроен атом. Но еще до того, как он приступит к своим экспериментам, он уже заранее предполагает (а проще сказать, верит), что все атомы устроены по одному и тому же принципу, или плану. Если бы оказалось, что это не так – скажем, в одном атоме ядро находится в центре, в другом оно на периферии, а в третьем его нет вообще, или что электрон может иметь то отрицательный, то положительный заряд, то вся его работа потеряла бы всякий смысл.

Если он так поступает, он, возможно, физик, но он - не исследователь. Если исследователь сталкивается в своей работе вот с такими вот явлениями, то он начинает заниматься добыванием научного знания - пытаться построить гипотезу, почему это вот так, а не иначе. И именно после этого его действия обретают смысл. Вера в научные постулаты приходит не раньше, а позже результатов исследований.

И, наконец, главное. Религия не нуждается в научном исследовании. Ибо на любой заданный ученым вопрос, у религиозного человека есть один общий ответ - "Так устроил Всевышний!" Точка. В течение сотен лет до рассеяния и в течение почти 2000 лет галута иудеи дали миру лишь одного ученого-натуралиста - Маймонида, но и после него не осталось ни школы, ни открытий. Все исследователи, которых принято считать евреями - это люди, отошедшие от иудаизма, светские евреи. Судьба Спинозы, выброшенного из еврейства, также должна быть всем хорошо известна. Более того, для религии исследования вредны, ибо могут дать неожиданный результат, на который у религии нет ответа! И именно поэтому христианство всегда боролось с наукой, и только после того, как оно потерпело сокрушительное поражение, стало искать возможности использовать науку в своих целях, как до этого использовал науку атеизм. Но религия немного опоздала, и сейчас пытается наверстать упущенное, о чем и свидетельствуют статьи, подобные статье проф. Магазаника.

Позиция проф. Магазаника напомнила мне давно пройденное. 
В принципе, конечно, можно считать Демокрита (и его учителя Левкиппа) отцом-основателем современной атомной физики. С тем же правом, что и проф. Магазаник признает Авраама отцом современной науки. Но это уж слишком напоминает стремление советской философии искать (и находить!) исключительно отечественных "основоположников".

Теперь - о выступлении проф. Фоменко по поводу этой статьи. Он пишет:

Интересно, что Н. Магазаник делает удивительную оговорку, недопустимую с точки зрения веры: «Авраам решительно отверг общепринятое представление, что богов много… ему первому пришла в голову мысль, что всё вокруг создано и управляется … единственным строителем по какому-то единому и всеобщему плану. Только этого высочайшего архитектора, это начало всех начал Авраам был готов признать истинным и единственным Богом. Тем самым, Авраам стал основателем первой монотеистической религии». 
Иными словами, вполне рациональный анализ привёл Авраама к преимуществам монотеизма и он изобрёл Бога «по своему образу и подобию» (а не наоборот) и стал основателем не в силу «откровения», а в силу своего ума.

Но он не "изобрел" Бога, и, тем более, по своему образу и подобию. Он понял, что мир управляется из единого Центра. Коперник понял, как устроена солнечная система - он не "изобрел" ее. Люди поняли, что нет небесного свода, а есть Космос еще до того, как вышли в него. Они не "изобрели" космос. Понять, как устроен мир - не значит "изобрести" его.

Авраам, (по Торе) – сам дошел, в сравнительно раннем возрасте. И Откровение ему было лишь в возрасте примерно 50 лет, когда Всевышний впервые обратился к нему и предложил направиться в Ханаан. Так что высказывание проф. Магазаника находится в пределах Торы, а высказывание проф. Фоменко – вне ее.